No es necesario que uses (saques) las esencias del Inventario. El Inventario solo las enumera.
Puedes usar tus esencias directamente desde tus Colecciones. Abre tus colecciones y verás que hay un recuadro con esencias junto a cada colección que muestra la cantidad necesaria para completar una colección.
Solo toca el botón Ensamblar junto a la colección que tenga suficiente esencia y todos los elementos encontrados. La esencia se usará y se recalculará automáticamente en tu Inventario y en otras colecciones que requieran este tipo de esencia.